MyISAM과 InnoDB를 간단하게 비교한 표입니다.
MyISAM유리한점 : Geospatial 기능과 Full-text Search 기능
InnoDB유리한점 : 트랜잭션, Locking Level, Data caches 등 세가지 입니다.
이 세가지 특성으로 인하여 특수한 경우(spatial, full-text search)등을 제외한 경우 InnoDB를 선택해야만 하는 이유가 나옵니다.
http://dev.kthcorp.com/2011/06/17/why-we-need-to-use-innodb-on-mysql-vs-myisam-comparison/